Aunque el nacimiento del juego no está muy claro, todo parece apuntar a que el famoso matemático suizo Leonhard Euler, el mismo año en que murió (1783) concibió lo que hoy se conoce como Sudoku, asociado a los llamados Cuadrados Mágicos.

Las cuadrículas del Sudoku se inspiran en los cuadrados latinos, primos de los cuadrados mágicos. Conocidos ya en la antigüedad - probablemente sobre el año 2.000 A.C.- se componen de cuadrículas cuadradas de N por N casillas en las cuales figuran N símbolos diferentes, donde:

• Cada casilla de la cuadrícula contiene un símbolo.
• Cada símbolo sólo figura una vez en cada fila y cada columna.

El principio matemático fue estudiado por el suizo Leonhard Euler. Un hombre que fue honrado con el título de Prícipe de los Matemáticos el cual no debía de imaginarse que tres siglos más tarde se habría convertido en el padre de este pasatiempo apasionante.

Así, no sería hasta 1979 cuando llegaría al gran público de New York de la mano de Walter MacKey, en la revista de pasatiempos "Math Puzzles and Logic Problems". El editor del Puzzle Magazine publicó una cuadrícula de nueve cuadrados mágicos que llamó “Number Place” (el lugar de los números).

Pero esta publicación pasó casi inadvertida hasta catorce años más tarde, en 1984, cuando el periódico japonés Monthly Nikolist en publicó este juego en el mensual de crucigramas “Monthly Nikolist” con el nombre “Suji wa dokushin ni kagiru”, lo que significa aproximadamente “los números deben estar solos” o “una sola cifra debe ser inscrita”. La traducción japonesa era demasiado larga de escribir y poco comercial, por eso el juego volvió a ser bautizado utilizando la contracción de las palabras y es por ello que finalmente el juego se ha hecho famoso con el nombre de Sudoku (su = número, doku = solo).

Dos años después, los japoneses introducen una variante que consiste en dos innovaciones que lleva el juego a una mayor popularidad en el país del Sol Naciente: el número de las cifras no puede pasar de treinta y las cuadrículas se hacen simétricas, es decir que las cifras están distribuidas de forma rotatoria y simétrica en las casillas, lo que concede al conjunto un aspecto más estético.

Más recientemente, en 1997 Wayne Gould, juez neozelandés, durante una visita a Hong Kong lo descubrió y preparó algunos Sudokus para el diario británico The Times, pero éstos no fueron publicados hasta el 2005, convirtiéndose en el fenómeno de masas que es hoy y extendiéndose por periódicos y publicaciones de todo el mundo.